Om recht te doen aan de culturele, maatschappelijke en juridische verschillen tussen Vlaanderen en Nederland heeft de NVAGT een "Nederlandse" en een "Vlaamse" afdeling. Uitgangspunt is daarbij dat ten principale het doel van de afdelingsbesturen is het harmoniseren van de verschillen zonder dat de eigen identiteit van beide bevolkingsgroepen teloor gaat en het gezamenlijk belang richtlijn zal zijn voor het beleid van de NVAGT. Elk lid geeft bij aanmelding te kennen tot welke afdeling het wil gaan behoren.Tenminste eenmaal per jaar wordt door het bestuur van elke afdeling een ledenvergadering uitgeschreven waarop de benoeming van de afdelingsvoorzitter, tevens vice-voorzitter van de vereniging wordt geagendeerd.
Na de eerste gestaltopleidingen in Vlaanderen waar ondermeer Laura Perls als gasttrainer optrad, ontstond de behoefte aan een beroepsvereniging. Op 20 februari 1976 werd de Vlaamse vereniging voor Gestalttherapie opgericht. Naast kwaliteitsbewaking ijverde de vereniging via studiedagen en congressen voor de bevordering van de gestaltbenadering.
Veel weerklank kregen bijvoorbeeld congressen over zingeving (1986), overdracht (1989), borderline-patiënten (1990) of wegen tot herstel (1996).
Met de oprichting van de NVAGT werd de Vlaamse vereniging voor Gestalttherapie omgevormd tot Afdeling Vlaanderen. Ook het Gestaltnetwerk dat studenten van het opleidingsinstituut IVC groepeerde, trad toe tot de NVAGT.
Afdeling Vlaanderen organiseert voor de Vlaamse leden van de NVAGT jaarlijks ontmoetingsavonden rond actuele thema's en een studiedag, bedoeld voor een breder publiek. Daarnaast staat Afdeling Vlaanderen ook in voor de organisatie van intervisiegroepen en biedt zij de mogelijkheid in te schrijven in een collectieve groepsverzekering.
Als belangenvereniging heeft zij ook aandacht voor initiatieven op politiek vlak in verband met de erkenning van psychotherapie en mogelijke terugbetalingen van consultaties via de aanvullende verzekering van mutualiteiten.
Franstalige gestalttherapeuten zijn in België verenigd in de Société Belge de Gestalt. Meer over deze Franstalige tegenhanger kan u lezen op hun site http://www.mieux-etre.be/interactif/article.php3?id_article=596